硬皮病食管是指硬皮病累及食管肌層，導致食管平滑肌痙攣、缺血，以及平滑肌萎縮和黏膜下膠原沉積及纖維化形成。表現為吞咽困難、燒心，多伴有嘔吐，胸骨后或上腹部飽脹感。硬皮病食管應與下列疾病鑒別：
食管結核
食管結核患者一般多有其他器官結核的先驅癥狀，特別是肺結核。食管本身癥狀往往被其他器官癥狀混淆或掩蓋，以至不能及時發現。按照結核的病理過程，早期浸潤進展階段可有乏力、低熱、血沉增快等中毒癥狀，但也有癥狀不明顯者。繼之出現吞咽不適和進行性吞咽困難，常伴有持續性咽喉部及胸骨后疼痛，吞咽時加重。
真菌性食管炎
真菌性食管炎的臨床癥狀多不典型，部分患者可以無任何臨床癥狀。常見癥狀是吞咽疼痛、吞咽困難、上腹不適、胸骨后疼痛和燒灼感;重者胸骨后呈刀割樣絞痛，可放射至背部酷似心絞痛。念珠菌性食管炎可發生嚴重出血但不常見。未經治療的患者可有上皮脫落、穿孔甚至播散性念珠菌病。
病毒性食管炎
食管的單純皰疹病毒感染常同時有鼻唇部皰疹，主要癥狀為吞咽疼痛。疼痛常于咽下食物時加劇，患者吞咽后食物在食管內下行緩慢。少數患者以吞咽困難為主要癥狀，輕微感染者可無癥狀。