全身性真菌感染，常可經血流侵及尿路，這種情況頗為常見。但局限于尿路的真菌感染，則甚罕見，常為上行性感染的結果，其發病率約占尿路感染的0%～4.8%。1980年國內首先報道1例，近年來陸續有報道，隨著抗生素、免疫抑制劑的廣泛應用，診斷方法的進步，以及新技術(如腎移植等)的不斷開發，其發病率有逐漸上升趨勢。Wise等觀察到，念珠菌尿發病率在10年時間從1%升至8%，Hamory等證實，11%的醫院內尿路感染由白色念珠菌引起。因此，真菌性尿路感染應引起臨床醫生，特別是泌尿科醫生的重視。
許多真菌都可引起尿路感染，如隱球菌、曲霉菌、毛霉菌、酵母菌、組織胞漿菌和白色念珠菌，其中，以白色念珠菌為最常見。白色念珠菌可侵入泌尿道任何部位，在非妊娠、非糖尿病、非導管插入患者尿中出現白色念珠菌，被認為是全身播散性念珠菌病的早期警告。新型隱球菌可引起腎乳頭壞死綜合征、腎盂腎炎和類似腎結核的膿尿。
本病感染途徑為上行性和血源性，局限于尿路的真菌感染常為上行性，全身性真菌感染侵及尿路則為血源性。
真菌廣泛存在于人類皮膚、口腔、胃腸道、肛門和陰道，是典型的條件致病菌。真菌性尿路感染多為繼發性，患者常有基礎疾病或醫源性因素，臨床上常見于下列原因：1應用抗生素治療引起正常菌叢失調，尤其是長期大量使用廣譜抗生素時;2激素、免疫抑制劑的使用以及腫瘤病人行放射治療，使機體的防御功能減弱;3留置導尿管、尿路畸形等尿路局部抵抗力下降;4慢性嚴重疾病致使體質極度虛弱;5糖尿病病人，抗念珠菌的能力降低，當血糖>8.34mmol/L(150mg/dl)時，白色念珠菌生長率提高;6尿pH：念珠菌生長的適宜pH值是5.1～6.4，正常尿液呈酸性，有利于念珠菌的生長。