尖銳濕疣治療原則是盡可能去除可見的疣體，并減少復發。無論用何種方法治療，復發總是難免的，但再次治療還是有效。
尖銳濕疣的治療主要是外用療法去除已生長出的濕疣病變。目前，治療尖銳濕疣的外用療法有激光療法、藥物療法、冷凍療法、微波療法、光動力療法和手術療法等，但應用較多的是激光療法和外用藥物療法。這些療法的合理選擇要根據患者的身體狀況和病變情況、尤其是病變情況而定，如病變發生的部位以及病變范圍、類型與大小等。
1.外用藥物療法
這類藥物具有抗病毒和/或提高局部抗力作用，藥物應用安全，對患者的痛苦小，多數療效好。該療法適用于各部位及各種類型的疣體，但對帶蒂狀疣體療效差，對明顯肥厚或巨大的疣體需要反復或長療程用藥。
2.激光療法
該療法能快速去除濕疣病變，適用于發生于外生殖器或肛周等部位皮膚或黏膜上的顆粒狀或菜花狀單個疣體以及發生于尿道口、陰道口、陰道壁或宮頸部位的單個疣體，單個大菜花狀帶蒂狀疣體也多選擇激光療法。該療法不適用于大面積疣體或反復治療尿道口和肛門內病變，否則易產生尿道口或肛門粘連與狹窄，導致排尿或排便困難。激光療法對患者會產生一定痛苦，尤其是大面積病變治療后易感染、傷口愈合緩慢、預后遺留疤痕或某些生理部位的缺陷等。
3.光動力療法
該療法多用于較局限、較小疣體或在激光等療法先去除疣體后作為一種預防復發性治療。該療法安全性較好，但光照時局部有灼熱或疼痛感，有些可引起局部水腫，每次治療時間較長，治療費用也較高。
此外，患者的身體狀況在合理選擇以上療法時應加注意。通常，對患有免疫性疾病如紅斑性狼瘡等患者，或患有惡心腫瘤在進行放療/化療者，應盡可能選擇外用藥物療法，因激光等損傷性療法后易發生感染以及傷口愈合困難。