真菌將甲組織作為營養源，生長過程中又可分泌蛋白酶分解角質，破壞甲組織，導致甲形態、質地、顏色改變，其代謝產物可刺激甲小皮、加床、甲皺襞等組織，形成一系列病理改變，進而形成了灰指甲。
灰指甲的癥狀表現，可有以下10項
1.混濁：甲板不透明，呈云霧狀或污潰狀，失去光澤;
2.肥厚：甲下角質物堆積;
3.甲面凹凸不平：甲下角質堆積導致甲板破壞;
4.甲分離：增厚的角質脫落，導致甲板與甲床分離;
5.變色：病甲呈白色、黃色、灰色、褐色、甚至黑色;
6.甲板萎縮：被真菌感染后，甲板變薄、縮小;
7.甲板脫落：甲板被完全破壞，只有少量殘留在甲床上;
8.甲板翹起：甲下角質物脫落，甲板只有根部與甲床相連;
9.鉤甲：病甲生長過長，并向掌跖側彎曲;
10.甲溝炎：病甲根部和甲溝潮紅、腫脹，通常由念珠菌感染所致。