取甲表面、甲下碎屑、甲組織進行真菌鏡檢常可發現真菌菌絲和孢子，可以協助診斷，但不能確定致病菌種;將上述組織置于培養基進行培養，經過2-4周，可分離出致病真菌，這樣有利于制定治療方案。病理檢查發現菌絲和孢子時可確診，為診斷甲真菌病的金標準，注意病理檢查時同時做真菌培養。
真菌的分離與鑒定、真菌培養檢查。刮取碎甲及甲下碎屑，鏡下可見真菌菌絲，真菌培養陽性。進行真菌鏡檢常可發現真菌菌絲和孢子，可以協助診斷，但不能確定致病菌種。病理檢查發現菌絲和孢子時可確診，為診斷甲真菌病的金標準，注意病病理時同時做真菌培養。
灰指甲診斷鑒別
甲癬需與其他皮膚病及全身性疾病引起甲改變的疾病相鑒別，例如銀屑病的甲病，先天性厚甲癥，先天性白甲癥，濕疹，硬皮病，脊髓空洞癥，雷諾氏病，連續性肢端皮炎，剝脫性皮炎等均可引起指甲的改變，這些甲病常累及數個指甲且常對稱發生。