色素絨毛結節性滑膜需要與可發生關節腫脹。關節積液。關節骨破壞的關節疾病相鑒別。色素絨毛結節性滑膜炎的軟組織腫脹呈密度較高的結節狀。且以關節腔內為主。無骨質疏松。骨缺損邊緣硬化。關節間隙保持正常有助于與關節結核。滑膜炎。滑膜肉瘤。類風濕性關節炎等疾病的鑒別。鈣化多見于結核。滑膜肉瘤。但也不可完全排除色素絨毛結節性滑膜炎。應該把鈣化放在所有征象中綜合分析。這樣才能減少誤診。
①夏科氏關節：早期都出現關節腫脹。積液。無痛等。但多數有外傷史。關節畸形較嚴重。X線所見新骨形成。骨端瓦解。關節面破壞。關節脫位等骨關節損害與臨床癥狀極不相符。
②滑膜肉瘤：二者均有軟組織腫塊。鈣化。骨質破壞。但滑膜肉瘤發展快。病程短。劇痛。骨質破壞呈溶解性。無硬化邊緣。
③滑膜結核：二者均有關節周圍組織腫脹。關節面破壞。關節間隙早期增寬晚期狹窄。其不同點結核有明顯骨質疏松。關節面破壞累及兩側。無硬化之邊緣。軟組織中無腫塊影。
④類風濕性關節炎單關節型：多見于肘。腕。膝。指關節。關節腫脹。軟組織增厚。疼痛不甚明顯。較早出現骨質疏松。關節間隙變窄甚或蟲蝕樣破壞。關節穿剌為透明液。