尿路感染反復發作的主要原因包括
1.急性尿路感染治療不規范。通常在停藥1周及4周后需復查尿化驗和/或尿培養，如兩次結果均呈陰性，說明此次感染已治愈。但有些病人癥狀好轉后即自行停藥，或者停藥后不按醫生要求及時回醫院復查，導致感染復發或遷延不愈，進而轉為慢性。如此反復，只會增加治療的難度。
2.合并一些基礎疾病，例如糖尿病、泌尿系結石、尿道梗阻等。
3.對尿路進行機械性操作，例如插尿管，會將細菌帶入尿道，或者損傷尿道黏膜，從而給細菌感染提供了機會。
4.長期使用免疫抑制劑，會降低人體抵抗力，容易被感染。
5.不注意衛生，包括平時的衛生，以及性生活前后的衛生。
對于初次發作的尿路感染病人，可不作尿培養檢查，直接給予經驗性治療。但是，如果尿路感染反復發作，治療效果不好，合并上述基礎疾病，或是住院后出現的尿路感染，病原菌可能會比較復雜，這些病人則需要接受尿培養檢查。
所謂尿培養，就是要留取中間一段的尿液進行培養，可有助于確定致病的細菌種類，選擇敏感的抗生素，并制訂治療方案。
對于反復發作的泌尿系感染，在接受醫生建議的正規抗生素治療的同時，還需要采取下列預防措施，以確實保證治療效果：
首先，多飲水，每天至少2000毫升。
其次，對于性生活相關性尿路感染，要注意外陰部的清潔衛生。就是說，如果每次復發都出現在性生活之后，要注意性交后及時解小便。還有，許多女性患者因為宮內節育器的位置下移，其尾絲降至陰道口以下，也可能會導致陰道炎和尿道炎反復發作。
再次，盡量少進行器械操作，例如插尿管等，以減少感染的機會。
對于發作頻繁的患者，例如半年內發作大于2次，或者1年內發作大于3次者，建議使用抗生素預防感染。包括持續療法，即每日口服抗生素1次，共治療6―12月;或于每次性交后口服抗生素1次。