肛門直腸周圍膿腫的癥狀主要是肛門直腸周圍的腫脹疼痛、墜脹，或伴發熱等全身感染表現。體征為肛門直腸周圍紅腫，觸及硬結及壓痛。根據發生具體位置不同，臨床又有以下分類：
一、骨盆直腸窩膿腫。局部癥狀不明顯而全身癥狀較重。感覺直腸、肛門沉重下墜，頻有便意，大便時加重，排尿困難。全身表現為發熱、周身疲倦，嚴重者有毒血癥的癥狀，如頭痛、高熱、嘔吐、大汗出。局部可見直腸粘膜隆起，在提肛肌上可觸及腫塊、壓痛、波動。作膿腔穿刺可抽出膿汁。
二、直腸粘膜下膿腫。局部癥狀輕，全身癥狀重。直腸鏡下可見直腸粘膜明顯的限局性腫脹、發紅。直腸指診可摸到直腸壁上有限局性柔軟腫塊，壓痛、波動，穿刺可抽出膿汁。
三、直腸后間隙膿腫。肛外正常，疼痛可向臀部放射，可出現發熱、周身不適等全身中毒癥狀。可觸及直腸后壁腫脹、壓痛及波動感。
四、坐骨直腸窩膿腫。局部與全身癥狀都比較明顯，肛緣外一側或兩側紅腫，壓痛或有波動。全身表現為感染癥狀。
五、肛門周圍皮下膿腫。全身癥狀輕，可有發熱、全身不適感。局部疼痛。
六、肛門后間隙膿腫。局部疼痛，可見肛門后側紅腫，全身癥狀輕。
七、肛管粘膜下膿腫。發生在齒線附近，局部疼痛、腫脹、壓痛、肛門松弛，粘膜下膿腫常與皮下膿腫相通。
八、括約肌間膿腫。發生在內外括約肌之間，局部疼痛、腫脹、壓痛，肛門松弛。
九、馬蹄形膿腫。又分為半馬蹄形膿腫和全馬蹄形膿腫，多為坐骨直腸窩膿腫遷延治療發展而成，表現特點與坐骨直腸窩膿腫相似。