主要有兩類
①遺傳因素
來源于種族演化和雙親遺傳兩方面。在人類進化中，隨著食物由生變熟和細軟，咀嚼功能漸弱，致使口頜器官漸退化。其中，頜骨退化快于牙齒，導致牙量大于骨量，出現牙齒擁擠。雙親的牙頜畸形可遺傳給子女。
②獲得因素
在胎兒期，母親患病、接受放射線過量和外傷等，可導致胎兒先天性牙頜面畸形，如唇腭裂合并牙頜畸形;小兒疾病如佝僂病、慢性鼻炎和腭扁桃體炎等，人工哺乳時的奶瓶位置及喂養姿勢不正確，兒童食物過細軟，諸如吐舌、吮指、咬下唇、口呼吸和偏側咀嚼等不良習慣，替牙期間的乳牙早失、滯留、鄰面齲壞、多生牙和先天缺失牙等，均可引起。