治療脫肛，首先要抓緊對孩子脫肛的病因(如腹瀉或便秘等)進行積極的治療。對于有脫肛病史的孩子，要避免讓他選擇蹲的姿勢進行排便，稍大一些孩子可以讓他坐在高腳痰盂上排便，或將普通痰盂置于板凳上，這樣可以在孩子排便時盡量不使孩子的髖關節屈曲。脫肛嚴重時也可使孩子采取側臥或仰臥位排便，使直腸不易脫出，一般堅持1～2個月就可痊愈。
如果發現孩子在排便之后發生直腸脫落時，家長應及時為孩子進行手法復位。復位之后直腸又立即脫落或平時直腸一直脫落在肛門外者，須在復位之后可用消毒紗布疊成厚墊壓住肛門口，然后將臀部兩側用膠布將其拉緊粘住，并囑咐小兒臥床休息1～2周。如果孩子能夠堅持臥床排便，往往肛門直腸不再脫出，再堅持半蹲的姿勢排大便，一般1～2個月即可痊愈。
與此同時，要注意改善孩子的營養狀況，引導孩子進行適量的體育鍛煉，增強腹肌和肛門周圍肌肉的收縮功能。還需要注意培養小兒的規律的生活習慣，培養定時大便的良好習慣，防止便秘的發生。