肝囊腫的診斷主要是依靠影像學的檢查，其中超聲波的檢查，是一項主要的檢查手段。能看到一個囊狀的，無回聲的一個區域，一個暗區。肝囊腫的診斷主要依賴于超聲波。但如果要全面了解囊腫的大小、數目、位置以及肝臟和肝臟周圍的相關臟器情況，還是需要通過CT的，特別是對于需進行手術治療的巨大肝囊腫患者，CT檢查對于手術的指導作用更優于B超。所以在診斷中，CT也是必不可少的。另外，肝囊腫分為寄生蟲性肝囊腫和非寄生蟲性肝囊腫兩種，而在非寄生蟲性肝囊腫中，又分為先天性肝囊腫和后天性肝囊腫兩種。因此，在診斷中，確定患者是哪類肝囊腫也很重要。
從臨床表現和影像學的特點來進行區別是很困難的。因為它們一般沒有臨床癥狀，只是偶爾查體的時候，進行常規體檢的時候偶爾發現，影像學上也都是一些沒有回聲的液性暗區。臨床上診斷主要還是根據一些臨床的表現，比如這個病人有牧區的生活史，有牛、羊、犬的接觸史，往往就考慮寄生蟲性的肝囊腫的可能性大一點。另外要診斷寄生蟲性的肝囊腫，還有一些血清學的檢查。 比如說寄生蟲性的肝囊腫，往往伴有嗜酸性細胞的增多，補體結合實驗往往也是陽性，如果有這樣的陽性結果，對確診寄生蟲性肝囊腫有一定的幫助。而在非寄生蟲性肝囊腫的患者，這兩項結果一般不會陽性，如果是由于膽道的炎癥、創傷或者是腫瘤引起的肝囊腫，一般會有一些相應的改變，比如腫瘤標志物的陽性，或者一些白細胞的升高，等等其他的改變。
在對肝囊腫患者的診斷過程中，還需要與一些其它疾病相鑒別。臨床上需要和肝囊腫進行鑒別診斷的疾病一個是肝膿腫，因為肝膿腫也是一個液性的一個改變，但是肝膿腫的患者往往伴有高熱，一般它是多發，不會單發。另外做一些血清學的檢查，它可以出現白細胞的增高、血沉的增快，以及其他的一些改變。另外需要鑒別診斷的就是一些巨大腫瘤的液化，比如有一些原發性肝癌的患者，由于腫瘤太大以后，中央的區域液化，液化以后，臨床上就和肝囊腫不好鑒別，但是可以通過增強CT、核磁這些影像學的手段，以及檢測腫瘤的標志物進行進一步的區分。