細菌性肝膿腫鑒別診斷較困難，因臨床上同有發熱、白細胞增多等炎癥反應，且肝臟腫大、肝區壓痛的病變并不單僅肝膿腫一種。以就下列幾種常見疾患，分別論述其與腫膿腫的不同點：

　　1.膽囊和膽道疾患：膽囊和膽道疾患常有急性發作史。如為單純膽石癥，則全身反應不顯著而惡心嘔吐常為突出的表現;而肝膿腫一般多不伴有惡心嘔吐。急性膽囊炎常有明顯的局部疼痛和壓痛，且常能捫得腫大的膽囊;而肝膿腫則主要表現為肝臟之向上腫大，膽囊不能觸及。膽總管結石伴有嚴重膽管炎者，臨床上有時與肝膿腫甚相似，但膽管結石常伴有惡心嘔吐及黃疸，在早期其肝臟的腫大和觸痛常不明顯，而橫膈也無升高和活動限制現象。

　　2.右膈下膿腫：膈下膿腫與細菌性肝膿腫的鑒別更困難，術前之正確診斷有時幾乎不可能。一般說來，細菌性肝膿腫的全身反應較之膈下膿腫尤為嚴重;在后者，寒戰和間歇型的高熱不如肝膿腫顯著。相反，胸壁的疼痛在膈下膿腫較為顯著，放射到肩部的現象比較經常，且呼吸時疼痛加劇的現象也較明顯。膈下膿腫形成前幾乎常有先驅病變如急性闌尾炎穿孔及潰瘍病穿孔等;然而上述病灶也可以引致肝膿腫。

　　X線檢查有時可對上述兩種病變作出鑒別。一般單純的膈下膿腫在前后位片上可見肋膈角模糊，側位片上可見后側的肋膈角模糊，而肝膿腫并有膈下膿腫者，在前后位片中可見心膈角模糊，側位片上可見前面的肋膈角模糊。B型超聲檢查對診斷幫助更大。當超聲和CT掃描不易鑒別時，磁共振冠狀面圖像可以確診。

　　3.阿米巴性肝膿腫：一般說來，多發性細菌性肝膿腫與單發性細菌性肝膿腫在臨床上也有不同表現，前者多有突然的寒戰、高熱及出汗，肝臟的腫大和壓痛明顯，白細胞增加較顯著，黃疸也較多見;而單發性細菌性肝膿腫則上述表現均較輕微或緩和。同樣，阿米巴性肝膿腫的臨床表現較之多發性細菌性肝膿腫也較緩和，兩者之間的鑒別多不困難。但阿米巴性肝膿腫與單發性細菌性肝膿腫的癥狀則頗多相似之處，兩者之鑒別有時非常不易。

　　最重要的鑒別點在阿米巴性肝膿腫常有阿米巴性腸炎和膿血便病史，如在患者糞便中找到阿米巴滋養體，更具有診斷意義。此外，阿米巴性肝膿腫的癥狀較輕，白細胞增加不顯著，且以嗜酸性者為多，病程較長，但貧血較明顯;肝大明顯，肋間水腫，局部隆起及壓痛較明顯。確實的診斷往往只有在穿刺抽得膿液以后，根據膿液的性質及細菌檢查結果，方能作出最后結論。