灰指甲的病原真菌有許多種，當真菌除侵犯甲板并滲透甲床時，可應用外涂藥物直接殺滅病甲及其周圍真菌。由于病甲常有不同程度增厚，要讓藥物發揮最大藥效，一定要合理應用外用藥物。
1、不宜使用腐蝕性或藥性較強的藥物，應在醫生指導下根據病變程度選擇藥物，避免指甲生長好后出現變形等情況。
2、灰指甲感染后，無論感染區域大小，在整個指甲及周邊皮膚都存在病菌，上藥時必須全甲上藥，而非單獨給感染病變的位置上藥。
3、外用藥物滲透性差，涂藥前應先磨薄病甲，但應慎用所謂軟甲藥膏，到目前為止，還沒有任何藥物可以上藥后讓病甲直接剝離。
4、灰指甲的病菌一般都很頑固，完全祛除需要一定時間，且手指甲和腳趾甲的生長速度不同，因此常需要長期用藥。
5、在修甲及上藥的前期(20天左右)，新甲長出來后，容易被感染，因此應特別注意指甲防護。
新指甲多久才能長出來
指(趾)甲的生長速度較慢，從根部開始至前游離緣，手指甲需要100天時間，而腳趾甲大約要300天時間，只有手指甲生長速度的1/3。