灰指甲是一種發生在人甲上的傳染性疾病，主要由真菌感染引起，治療方法較多，主要可分為藥物治療、局部用藥、手術治療等。
一、藥物治療：目前常采用新型抗真菌藥物治療灰指甲，如伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑、酮康唑等藥物。這些藥物進入人體后很快結合于角質組織進行殺菌或抑制真菌生長，極大程度上減少了對肝臟、腎臟的損傷，能有效治療包括皮膚癬菌、酵母菌和霉菌在內的各種真菌感染引起的灰指甲。
二、局部用藥：一般宜選外用治療灰指甲，根據藥劑不同，主要有浸泡、局部涂藥和封包削治療方法。當甲的損害始于遠端、并不超過甲1/3時，可以用藥外用藥物治療。常用的藥物有的阿莫羅芬、環吡酮胺等甲涂劑。雖然比較費時費力，但卻具有副作用小的優點，選用得當能達到較好治療效果。
三、手術治療：手術拔甲常為嚴重甲真菌病的治療方法，方法簡單，但由于有時很難徹底清除病甲，并且仍然存在甲床中的真菌再次侵入甲板的機會，且創面大，易引起感染，自新型抗真菌藥物應用于臨床后已較少應用。