術后復發轉移是影響肝移植治療肝癌療效的重要因素。國內外眾多移植中心的經驗均表明，選擇合適的適應證是預防肝癌肝移植術后復發轉移的關鍵因素。
目前肝移植治療肝癌的最佳適應證仍為Milan標準，也有一些擴大標準如復旦肝研所提出的“上海復旦標準”等。由于移植適應證的擴大將使大量的肝癌患者納入移植隊列，勢必對器官資源的分配產生重要影響。
肝癌肝移植適應證應在保證稀有供肝資源的最合理使用及救治更多肝癌患者間尋求平衡。術前對預后的準確預測將有助于病例的選擇。腫瘤的分子指標、尤其是血漿/血清腫瘤標志物結合腫瘤的病理學特征將有助于預測準確性的提高。
由于肝源的缺乏，等待時間的延長導致候選患者的退出率達20%。大多數研究中心都會在等待供肝期間給予輔助治療以延緩腫瘤進展。對等待肝移植患者術前進行新輔助治療研究表明，射頻消融可獲得最高的完全壞死率(12-55%)，而化療栓塞僅為22-29%，不過這些治療對于等待移植過程中的退出率、復發率、及生存時間的影響仍不確定。
對于降期處理方面，目前尚沒有隨機對照試驗或大型病例對照研究的數據，尚需通過臨床研究對降期處理進行評估。移植術后的輔助性化療及換用抗腫瘤特性的免疫抑制劑-雷帕霉素等措施的價值目前僅通過一些非隨機對照研究得到評估。
肝癌肝移植的總體療效優于手術切除治療，但面對肝移植的特殊現狀，對可以手術切除的患者先行手術切除，腫瘤復發后再行移植的“挽救移植”也是可行的策略。這樣既可以在一定程度上緩解供肝的短缺，同時也保證了遠期生存率。
深入研究原發瘤的特性、移植術后患者的免疫狀態與腫瘤復發的關系，篩選準確反映肝癌肝移植預后的預測指標，并對高危復發風險的患者進行有效的干預治療，復發轉移后的綜合個體化治療將會提高肝移植治療肝癌的療效。