造血干細胞移植術后兩年內是免疫功能低下期，極易發生感染。應注意預防感染。感染最常發生的部位是呼吸道和消化系統。
預防呼吸系統感染最有效的措施是戴口罩，少去/最好不去人群較多的場所。
外出一定要戴口罩。在移植后初期家居最好也盡量戴口罩。這點非常重要。就有這樣的案例，移植非常順利，病人就大意了，外出也不戴口罩了，結果引發急性呼吸系統感染導致最終不治。一個年輕的生命就因為這一點小小的疏乎而早逝，相當可惜。
居室內要放置空氣凈化器，每天開窗通風，避免接觸感冒人群，最好自己住獨立房間，其他人進病人房間要戴口罩和手套，室內不放植物和動物。移植后初期病人起居最好都在自己房間，包括大小便、洗漱等。衛生間其實是家里最不衛生的場所。有這樣的案例，病人家居甚尊醫囑，但還時常感冒。大夫很是奇怪，最后一再追問，原來獨有病人的小孩(幾歲)未尊醫囑經常接觸病人，致使病人反復感冒/感染。
預防消化道感染的方法是注意飲食衛生。
最好不要吃剩飯剩菜，不吃外面買的熟食、直接食用的成品，如火腿腸等。夏天不吃涼拌菜，水果要吃皮厚不易腐爛的品種，如：蘋果、橙子、皮厚的西瓜、哈密瓜等。如有輕度腐爛應堅決避免食用。有很多案例，病人術后實在難忍“美食”的誘惑而開忌，總心存僥幸而最終導致腹瀉、發熱。
如果出現感染表現，應及時與自己的主治醫生聯系，盡早治療。切不要自行處理，以免耽誤病情，造成更大的損失。