克隆氏病為并發于肛門周圍膿腫、肛瘺、肛裂、肛門潰瘍和皮贅等肛門周圍的疾患，而以并發肛裂的機率最多，近達50%。
肛裂新鮮者可見裂口整齊，深淺不一，多為一個或二個裂口，出鮮血甚或點滴而出。慢性者多呈潰瘍面，有少量分泌物，裂口灰白色，有增生組織，質韌。而此期肛裂，可見肛裂三聯癥，乳頭肥大，肛裂，哨兵痔。
克隆氏病在肛門緣的表現為，裂口較深，邊緣潛行，有時兩個裂口的潛行邊緣相互溝通，上面的皮膚形成皮橋，裂口周圍青紫色。肛裂可發生在肛周的任何部位，其裂口疼痛較輕，可伴有皮贅、潰瘍或瘺管。病程較長，慢性難治。