肝膿腫主要通過阿米巴原蟲污染水、食物、蔬菜等進入人體腸道，繼而侵犯肝臟引起膿腫，因此，預防本病的關鍵是注意飲食衛生，防止病從口入。
慢性阿米巴肝膿腫病例容易被懷疑或誤診為“肝癌(晚期癌腫液化)”，遇“肝癌”診斷依據不足的病例，先按阿米巴肝膿腫給予診斷性治療。“先考慮可治之病，后考慮難治之癥”，值得醫、患者切記：對持續發熱伴有肝區腫痛者，如抗生素治療無效，則應高度警惕“阿米巴性肝膿腫”。
肝膿腫的預防包含兩個方面
1、提高機體的健康素質，增強機體的防病抗病能力，同時應盡可能避免可能誘發機體抵抗力降低的因素，如大劑量化療、放療及長期使用免疫抑制劑。
2、對容易誘發細菌性肝膿腫的疾病應抓緊治療，如肝膽管結石、急性化膿性梗阻性膽管炎、腹腔感染、腸道感染等。將這些病因控制住后，就能預防細菌性肝膿腫的發生。事實上，由于強大有效的抗生素的早期使用，細菌性肝膿腫的發病率已大為下降。
細菌性肝膿腫患者的預后與其年齡、體質、原發病、膿腫數目、治療開始的早晚、治療的徹底性和有無并發癥等密切相關。年幼及老年患者的預后較青壯年者差，病死率也高。
多發性肝膿腫的病死率明顯高于單發性肝膿腫。有人統計，140例多發性肝膿腫中死亡106例(75.7%)，而117例單發性肝膿腫中死亡僅28例(23.9%)。
病菌的種類與毒性對肝膿腫的預后也有密切關系。由大腸埃希桿菌、葡萄球菌、鏈球菌、銅綠假單胞菌等細菌引起的肝膿腫病死率較高，對多種藥物不敏感的菌種感染者預后也差。
全身情況較差和營養不良及有明顯肝功能損害者，如低蛋白質血癥和高膽紅素血癥時，病死率更高。有并發癥的肝膿腫，如膈下膿腫、膿腫破入腹腔導致彌漫性腹膜炎、膽道出血，或合并膿胸或肺膿腫時，病死率增高。相反，單發性膿腫癥狀輕微無并發癥者，預后良好。
因此，對細菌性肝膿腫治療的要求是早期診斷，早期治療，及時使用有效的抗生素，有效的排膿，徹底處理原發病灶以及加強全身支持治療等，可大大降低病死率。近年來由于醫學科學技術的飛速發展，診斷和治療水平不斷提高，細菌性肝膿腫的發病率及死亡率已有明顯下降。