根據患者有不潔性接觸史，非淋菌性尿道炎檢查時，發現癥狀較淋病輕，分泌物檢查找不到淋球菌，高倍鏡下(400X)白細胞10～15個以上，油鏡下(1000X)白細胞5個以上即可初步診斷，有條件者可應用熒光標記的單克隆抗體(直接熒光抗體法)檢測上皮細胞內的衣原體包涵體，或應用多聚酶鏈式反應檢測衣原體和支原體DNA，衣原體和支原體培養進一步確診。
1、尿道分泌物涂片
及培養排除淋球菌、念珠菌及其他細菌感染。涂片有大量白細胞。
2、尿道分泌物或宮頸刮片
單克隆衣原體熒光抗體檢查或培養。
3、婦檢
女性用窺陰器充分露暴宮頸，第一根拭子將宮頸表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宮頸1-2cm，旋轉10s，停2-3s，取出拭子，不要碰陰道壁。