1.非特異性慢性盆腔炎
多有分娩，流產，急性盆腔炎病史，月經量一般較多，閉經極少見;生殖器結核多為不孕，月經量減少甚至閉經，盆腔檢查時可觸及結節。
2.慢性輸卵管炎
臨床表現為月經異常，下腹隱痛，腰骶酸痛，不孕等，應與結核性輸卵管炎鑒別，慢性輸卵管炎多有分娩，流產后急性盆腔炎史，月經量較多，而表現為閉經者較為少見，沒有其他結核性輸卵管炎典型檢查所見，子宮內膜活檢無結核病灶。
3.子宮內膜異位癥
有繼發性，進行性痛經，經量較多，腹腔鏡檢查多能確診。
4.卵巢腫瘤
結核性炎性附件包塊表面不平，有結節感或乳頭狀突起，應與卵巢癌相鑒別，可經腹腔鏡檢查或剖腹探查確診。
5.輸卵管癌
輸卵管癌與輸卵管結核性腫塊在婦科檢查時很難區別，若有陰道排黃色或血性液體且數量較多時，應考慮輸卵管癌，剖腹探查時將標本送病理檢查可明確診斷。
6.輸卵管妊娠
臨床上表現為停經，腹痛等易與輸卵管結核相混淆，一旦輸卵管妊娠破裂或流產時，即有內出血癥狀，做血及尿妊娠試驗，B型超聲檢查，診斷性刮宮有助于明確診斷。