肛瘺患者都有自己切身的體會與痛苦。一旦肛瘺形成，自愈的機會極少，瘺管復雜化后，帶來許多麻煩與一定的危害性。首先是膿水污染內褲，劇烈活動后可促使膿汁外溢，局部經常受到刺激，皮膚磨擦、瘙癢，非常痛苦，影響工作和學習，久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出現貧血，發作亦越加頻繁，形成互為因果。
由于多次反復發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而形成多發性、復雜性肛瘺，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門的正常生理功能。
肛瘺的多發性，可形成直腸陰道瘺、直腸尿道瘺和直腸膀膚瘺，危及周圍臟器。并且肛瘺有惡變傾向。