中醫根據肛周尖銳濕疣的疣體大小和具體情況，將肛周尖銳濕疣分為3型，即濕熱下注證、外染毒邪證和氣血瘀滯證。中醫治療通常是根據不同的病變類型，進行辨證論治以及加減治療。
妙招一：蒼術10g，黃柏10g，生苡仁30g，土茯苓30g，丹皮10g，通草10g，澤瀉10g，馬齒莧30g。中醫治療尖銳濕疣濕熱重者，可加入龍膽草10g。大便不通者，可加入蘆薈10g。此法主要用于濕熱下注證。
妙招二：馬齒莧60g，敗醬草15g，紫草15g，大青葉15g，木賊草15g。另外，中醫治療尖銳濕疣皮損灰暗，或病程較長，可酌加蜂房、丹參、紅花等活血化瘀之品。此法應用于外染毒邪證。
妙招三：桃紅四物湯加減 桃仁10g，紅花10g，川芎10g，當歸10g，白芍10g，丹參10g 蜂房10g，柴胡10g，夏枯草30g。中醫治療尖銳濕疣氣虛者，可加入生黃芪30g，補氣解毒，提高機體免疫力。疣體堅硬者，可加入生龍牡各30g，以軟堅散結。此法應用于氣血瘀滯證。