肝移植是各種終末期肝病最好甚至是唯一的治療方法，雖然肝臟作為免疫排斥反應的特惠器官，其排斥反應的發生程度明顯小于小腸、心臟和肺臟等。但是，若不使用合理的免疫抑制劑，仍會導致移植失敗。肝移植后的免疫抑制劑應用涉及到用藥時機、初始誘導及維持治療藥物選擇、聯合用藥以及療程和劑量選擇。
[誘導治療和維持治療]
肝移植后免疫抑制劑應用包括誘導治療和維持治療。常用的誘導治療藥物包括多克隆抗體、OK3、IL-2Rα和Campath。然而，目前并不是所有肝移植患者都進行了誘導治療。一項對48家美國移植中心的調查顯示：只有20%移植中心總是進行誘導治療，65%移植中心有時會應用誘導治療，而15%移植中心從不應用誘導治療。常用的維持治療藥物包括糖皮質激素、環孢素、他克莫司、霉酚酸和mTOR抑制劑。目前應用較多的藥物是糖皮質激素、他克莫司和霉酚酸，而一項薈萃分析顯示，他克莫司優于霉酚酸。
[防治排斥反應]
肝移植的不良反應主要為排斥反應。排斥反應包括超急性排斥反應、急性排斥反應和慢性排斥反應。超急性排斥反應極其罕見，只是會發生在異種移植時，一旦發生沒有有效的治療方法，再次移植是唯一選擇。急性排斥反應主要發生在誘導治療期間，隨著維持治療時間的延長，急性排斥反應的發生率逐漸下降。防治急性排斥反應的主要方法是聯合使用免疫抑制劑。目前最常用的聯合用藥方案為他克莫司或他克莫司聯合霉酚酸酯/霉酚酸。慢性排斥反應多出現在移植手術半年以后，沒有有效肯定的方法，有的病人可能會對他克莫司治療有效。多數病人只能靠再次移植手術治療。
[其他不良反應]
除了排斥反應意外，肝移植后不良反應還包括腎功能衰竭，其5年發生率為18.1%。為了預防腎功能衰竭的發生，應該避免停用神經貯鈣蛋白藥物，或者鈣調磷酸酶抑制劑轉為霉酚酸酯或西羅莫司。