細菌性肝膿腫多無典型臨床表現，急性炎癥期常被原發病所掩蓋。本病一般起病較急，由于肝臟血運豐富，一旦發生化膿性感染后，大量毒素進入血循環，引起全身膿毒性反應。臨床上常繼某種先驅性疾病(如膽道蛔蟲病)以后突然寒戰、高熱和肝區疼痛等。主要臨床表現如下：
1、寒戰和高熱：多為最早癥狀，也是最常見的癥狀。病人在發病初期驟感寒戰，繼而高熱，發熱多呈弛張型，體溫在38～40℃，最高可達41℃，寒熱往來伴大量出汗，脈率增快，一天數次，反復發作。
2、肝區疼痛：炎癥引起肝臟腫大，導致肝被膜急性膨脹，肝區出現持續性鈍痛;出現的時間可在其他癥狀出現之前或之后發生，亦可與其他癥狀同時出現，疼痛劇烈者常提示單發性膿腫;膿腫早期為持續鈍痛，后期常為銳利劇痛，隨呼吸加重者常提示肝膈頂部膿腫;有時疼痛可向右肩放射，左肝膿腫也可向左肩放射。
3、乏力、食欲不振、惡心和嘔吐：由于伴有全身性毒性反應及持續消耗，乏力、食欲差、惡心和嘔吐等消化道癥狀較為常見。少數病人在短期內表現精神萎靡等較嚴重病態，也有少數病人出現腹瀉、腹脹或較頑固性的呃逆等癥狀。
4、體征肝區壓痛和肝大最常見：右下胸部和肝區有叩擊痛;有時出現右側反應性胸膜炎或胸腔積液;如膿腫位于肝表面，其相應部位的肋間皮膚呈紅腫、飽滿、觸壓痛及凹陷性水腫;如膿腫位于右下部，常見有右季肋部或右上腹部飽滿，甚至可見局限性隆起，常能觸及腫大的肝臟或波動性腫塊，并有明顯的觸痛和腹肌緊張等;左肝膿腫時，上述體征則局限在劍突下。
5、晚期病人可出現腹水，這可能是由于門靜脈炎以及周圍膿腫的壓迫影響門靜脈循環及肝功能受損傷，長期消耗致營養不良和低蛋白所致。繼發于膽道梗阻的病人，都伴有黃疸。其他原因的化膿性肝膿腫，一旦出現黃疸，則表示病情嚴重，預后不良。
以上為典型的肝膿腫表現，值得指出的是，由于目前診療技術的進步，抗生素的早期應用，上述典型表現已不多見，而常以腹痛、乏力和夜間盜汗為主要癥狀。