右上腹部疼痛，并向右肩部放射，伴有發熱等，其次是對病人進行體格檢查，將所得的結果進行分析，再輔助一些必要的特殊檢查，即可明確診斷。
對那些無癥狀的膽囊結石主要依靠B型超聲波檢查來確診，現代超聲顯像是一種非創傷性，非侵入的診斷方法，能夠清晰地顯示膽囊，對膽囊結石的診斷率高達95%以上，能夠發現直徑0.3cm以上的結石。一般認為B超對膽囊結石的診斷優于CT及口服膽囊造影等。所以，對懷疑有膽囊結石的病人，一般選用B超檢查，即可明確診斷。如果想進一步確定膽囊的結石，可以同時觀察膽囊的濃縮功能和排空功能。
具有典型癥狀的膽囊結石診斷比較容易，但由于有些膽囊結石的病人沒有什么癥狀或癥狀比較輕微，沒有明顯的膽石癥特點，以致在診斷方面會走一些彎路，沒有能及早發現。例如有不少膽囊結石的病人，在沒有查出膽囊結石之前，常常因為上腹部不適、胃飽脹、噯氣及食欲不好等而被當作是胃炎、胃潰瘍或消化不良等，吃了很長一段時間治胃病的，但沒有什么效果，最后找到有經驗的醫生診治，經B超檢查或口服膽囊造影而確診為膽囊結石。診斷一明確，治療能有的放矢，自然效果也就好了。
與膽囊結石表現很相似的疾病主要有以下幾類：1、肝臟疾病：如病毒性肝炎、肝硬變等;2、胃腸道疾病：如胃腸道功能紊亂、消化性潰瘍、位置高的闌尾炎及右側結腸疾病等;3、膽道疾病：如膽道功能失調、膽囊腫瘤、膽囊息肉樣病變及膽道寄生蟲等;4、其他：如右側腎盂腎炎，帶狀皰疹及神經根炎等。由于上述疾病容易與膽囊結石混淆不清，所以要求病人在就診時應系統地、仔細地講述自己疾病的發生及發展情況，以便給醫生的診斷提供充足的資料。同樣，作為醫生也應全面地詢問病史，詳細地進行各種有關的檢查，并把獲得的資料進行綜合分析，盡可能及時確診。