治療非淋菌性尿道炎的關鍵一是在對致病菌準確檢測的基礎上盡快殺滅病原菌，全面消除炎癥反應;二是采取綜合治療措施，阻止其可能的復發。預防非淋球菌性尿道炎并防止其死灰復燃。
可采取以下預防措施
1、排除焦慮心理，積極配合大夫治療。
2、不飲酒，飲酒可以加重尿道的充血，使炎癥更加急劇。
3、患者和性伴侶要同時檢查，進行正規的治療。
4、在性伴徹底治愈前避免性接觸。
5、療期多飲水，以降低尿的濃度，減輕對尿道的刺激。
6、避免婚外夫妻生活、制止性亂現象。
7、堅持正規治療，避免半途而廢，這對消滅傳染源和預防合并癥都有好處。療前和療后至少2周禁夫妻生活，這樣有助于疾病的徹底痊愈。
8、在完成治療后需做復查，以評定是否真正痊愈。