1.小室間隔缺損可能在10～12歲以前自動閉合，有人不主張過早手術;但因這類患者的手術幾乎沒有死亡的，而如果不予手術，不但將使父母和患者因存在心臟雜音而產生精神負擔或入學困難，還有發生細菌性心內膜炎或心瓣膜炎的危險，故近來亦列入手術適應證。
2.有心臟增大和大量左向右分流者。
3.嬰兒有較大室缺、肺動脈高壓、左心衰竭、反復肺感染、肺動脈壓上升及生長發育不良者應及早手術。
4.室缺伴主動脈瓣關閉不全者應及時手術。
5.有肺動脈瓣狹窄或流出道狹窄者室缺多半較大。狹窄明顯者可出現右向左分流，應一并手術。
6.有肺動脈高壓，肺動脈壓/主動脈壓<0.75者可以手術，但術后高壓不能全消。
室間隔缺損修補術的禁忌證：肺動脈壓/主動脈壓>0.90者禁忌手術。肺動脈壓/主動脈壓為0.75～0.90者術后遠期效果不佳。