乙類傳染病也稱為嚴格管理傳染病，包括：傳染性非典型肺炎、艾滋病、病毒性肝炎、脊髓灰質炎、人感染高致病性禽流感、麻疹、流行性出血熱、狂犬病、流行性乙型腦炎、登革熱、炭疽、細菌性和阿米巴性痢疾、肺結核、傷寒和副傷寒、流行性腦脊髓膜炎、百日咳、白喉、新生兒破傷風、猩紅熱、布魯氏菌病、淋病、梅毒、鉤端螺旋體病、血吸蟲病、瘧疾、甲型H1N1流感(原稱人感染豬流感)。對此類傳染病要嚴格按照有關規定和防治方案進行預防和控制。其中，傳染性非典型肺炎、炭疽中的肺炭疽、人感染高致病性禽流感和甲型H1N1流感這四種傳染病雖被納入乙類，但可直接采取甲類傳染病的預防、控制措施。