對骨髓炎的治療要分內治和外治兩個方面，內應扶養正氣、提高機體抵抗力，增強機體對外來邪毒的抗病能力。而外治中，對骨髓炎的治療也是要按三步逐步進行的。
一要排毒，用具有排膿、腐蝕作用的中藥，自內而外破壞竇道和死骨，促進膿液、死骨和無活力組織排出，使肉芽鮮紅形成新鮮創面，為骨髓炎的治療打好基礎。
二要生肌，采用具有祛腐生肌、長肉斂瘡作用的中藥，自內向外促進骨髓、骨質、肌肉及皮膚組織再生和修復，最后使竇口愈合，是骨髓炎的治療關鍵步驟。
三對大塊死骨及病灶無法排出時，可采用手術方法進行病灶清理、死骨清除、連續灌洗術。對皮膚、軟組織缺損嚴重，創面深陷呈漏斗狀者應行帶蒂肌瓣填充術，方能消滅死腔。
骨髓炎的治療過程主要就是以上這些內容。對于這種化膿性金黃色葡萄球菌為主要致病菌的惡性疾病，骨髓炎的治療越早，越是有利，這也是骨髓炎的治療基本要求。