骨髓炎為全身感染的一部分，應及早采用足量而有效的抗菌藥物。隨著耐藥性菌株的出現，抗生素不斷更新換代，根據專家的經驗，選用抗生素并非產品愈新價格愈貴就愈好，而應根據培養和藥敏試驗結果有針對性地使用，一些已長期使用的藥物對于適當病例還是有效的。現將用于治療急性血源性骨髓炎的幾種主要抗生素列舉如下。

　　1、青霉素類(penicillin)

　　青霉素對釀膿鏈球菌和肺炎球菌感染應列為首選，對厭氧菌感染也有良效。青霉素G對產氣莢膜芽孢桿菌應為首選。半合成青霉素如甲氧西林(甲氧苯青霉素)、萘夫西林(乙氧萘青霉素)和苯唑西林(苯甲異惡唑青霉素)能抵抗葡萄球菌β-內酰胺酶之作用，在檢出對甲氧西林(甲氧苯青霉素)敏感之金黃色葡萄球菌時使用，對釀膿鏈球菌和肺炎球菌也有作用。氯唑西林(鄰氯青霉素)和雙氯西林(雙氯青霉素)為首選口服劑型。

　　氨基青霉素主要有氨芐西林(氨芐青霉素)和阿莫西林(羥氨芐青霉素)，前者可口服、肌注和靜注，后者只能口服。氨基青霉素類對β-內酰胺酶不穩定，對釀膿鏈球菌、肺炎球菌和無乳鏈球菌之作用不如青霉素G，但對腸球菌感染應為首選，對大腸桿菌和奇異變形桿菌也有效。替卡西林(羧噻吩青霉素)是抗假單胞菌的青霉素，對綠膿桿菌和多數腸桿菌有效。

　　2、頭孢菌素類(cephalosporin)

　　具有抗菌譜廣，殺菌力強，對胃酸及β-內酰胺酶穩定，過敏反應少等優點。第1代頭孢菌素以頭孢西丁(cefazolin)在骨科使用最多，常用于治療葡萄球菌感染，包括骨髓炎，其半衰期較長，血清濃度較高。第2代頭孢菌素主要有頭孢孟多(cefamandole)、頭孢西丁(頭孢噻吩)、頭孢呋辛(cefuroxime)及頭孢尼西(cefonicid)等，與第一代頭孢菌素比較，其抗革蘭陰性菌作用較強，但不如第3代。

　　第3代頭孢菌素主要包括頭孢噻肟、頭孢唑肟(頭孢去甲噻肟)、頭孢他啶(頭孢噻甲羧肟)和頭孢哌酮(cefaperazone)等，除腸球菌外對革蘭陽性菌均有作用，但抗革蘭陽性菌之作用不如第一代，對腸桿菌的作用則遠勝于后者;對除綠膿桿菌外之多數革蘭陰性菌有作用;對β-內酰胺酶有高度抵抗力。

　　3、萬古霉素(vancomycin)

　　萬古霉素對金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和腸球菌有很強的作用，對于不能耐受青霉素和頭孢菌素類之患者應列為首選抗生素。

　　4、克林霉素(氯林可霉素)

　　克林霉素(氯林可霉素)是對有臨床意義的厭氧菌(特別是脆弱桿菌群)作用最強的抗生素之一，對金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和鏈球菌也有作用。克林霉素(氯林可霉素)對包括骨在內的多數組織穿透力強，還可滲入膿腫。

　　5、利福平(rifampin)

　　利福平對多種革蘭陽性和革蘭陰性菌有作用，對凝固酶陽性和陰性的葡萄球菌和鏈球菌作用尤為強大，但對多數革蘭陰性菌之作用不如氨基糖苷類抗生素。常合并應用利福平與一種半合成青霉素治療葡萄球菌性骨髓炎。