急性扁桃體炎多具有典型臨床表現，不難診斷，但應與咽白喉、文桑氏咽峽炎、白血病及猩紅熱等鑒別。慢性扁桃體炎目前尚無滿意的客觀診斷方法，主要根據反復急性發作的病史，再結合檢查可見扁桃體及舌腭弓慢性充血，扁桃體小窩口有黃白色栓塞物，壓擠舌腭弓有膿性物自小窩口排出，扁桃體肥大或縮小表面有瘢痕及粘連等，即可診斷。細菌培養、小窩內脫落細胞學檢查及血清抗鏈球菌溶血素“ O”、抗透明質酸酶及抗鏈激酶等的效價測定，皆可做為診斷的參考。慢性扁桃體炎應與扁桃體生理性肥大(多見于兒童及青少年，無自覺癥狀及反復急性發作史)、扁桃體角化癥、扁桃體腫瘤等鑒別。