在臨床中，白塞氏病口腔潰瘍容易和好多病混淆，臨床醫生要注意鑒別診斷，一般來講應與單純性口腔潰瘍、瑞特綜合征、強直性脊柱炎、克隆病、炎癥性腸病等相鑒別。
1、單純性口腔潰瘍
是—種最常見的具有反復發作特征的口腔粘膜潰瘍性損害。多發生于青壯年。唇、頰、舌尖、舌邊緣等處粘膜好發。最初，口腔粘膜充血(發紅)、水腫(略隆起)，出現小米粒大小的紅點，很快破潰成圓形或橢圓形潰瘍，中央略凹下，表面有灰黃色的苔，周圍有狹窄紅暈。有自發性劇烈燒灼痛，遇刺激疼痛加劇，影響病人說話與進食。一般無明顯全身癥狀。
白塞病是一種全身性疾病，不僅有口腔潰瘍，而且有眼部病變、會陰潰瘍和針刺反應等。
2、瑞特綜合征
雖可有口腔潰瘍、龜頭炎及結膜炎，易與白塞病相混淆，但前者無針刺反應和靜脈炎。
3、強直性脊柱炎
基本病變是附著點炎。常常HLA— B27陽性，嚴重或晚期者出現脊柱強直，脊椎關節呈竹節樣改變，可與白塞病區別。
4、克隆病
可有口腔潰瘍，主要表現為消化道節段性的潰瘍或增生，腸道內可呈鋪路卵石樣改變;潰瘍性結腸炎表現為下消化道的潰瘍，主要為乙狀結腸的病變，可以由下向上發展至回腸，有人稱之為“倒灌性回腸炎”。
5、炎癥性腸病
病人多有較嚴重的腹瀉，大便為膿血樣。而且X線或纖維結腸鏡檢查可以輔助診斷，并與白塞病鑒別。