多數的肝囊腫對人體的健康影響不大，只需要定期隨訪就可以了。是否需要治療主要是根據下面的情況而定。
如巨大肝囊腫可能壓迫鄰近的器官或肝內的膽管，引起相應的癥狀和體征。例如，巨大肝囊腫可能壓迫胃而引起噯氣、腹脹、食欲不振，也可能壓迫肝內的膽管，引起黃疸。
少數嚴重多發的肝囊腫，可同時伴有肝纖維化和門靜脈高壓者，會造成肝功能損害，門靜脈高壓可能引起上消化道大出血，因此需要積極治療。
有少數的肝囊腫患者，其囊腫和膽道系統有交通，由于細菌能通過膽道系統進入到囊腫內，引起感染，這樣感染容易復發，且可能引起膽管炎，個別病毒例也可能癌變，應該盡早手術切除。如囊腫隨訪過程中發現囊腫壁增厚，或者化驗血有CA19-9糖抗原、癌胚抗原升高者，應該及時手術切除。