肝囊腫通常增長速度緩慢，如患者囊腫較小，最大直徑不超過3厘米，沒有臨床癥狀，則通常不需處理，在工作、運動等日常生活方面也沒什么需要特別注意的地方，定期復查觀察就行。但如果得了下列幾種肝囊腫，應考慮進行治療。
(1)巨大肝囊腫
少數肝囊腫生長速度較快，當囊腫直徑超過10厘米，稱之為巨大肝囊腫。近年來，有采用超聲引導下進行囊腫穿刺抽液，囊腔內注入適量無水酒精，可使囊腔閉合;單發性巨大囊腫也可考慮切除;多發性囊腫可考慮部分肝切除術。
(2)囊腫繼發感染
肝囊腫一般很少繼發感染，但少數肝囊腫可繼發感染，這些患者可有肝區疼痛、發熱、白細胞升高等炎癥表現，B超檢查可顯示增厚的囊壁、液性暗區及混雜的增強光點(提示膿液)。對這些患者應及時到醫院治療。
(3)囊腫繼發出血
少數肝囊腫的囊壁血管可自發破裂導致囊內出血。有的患者并無明顯癥狀，但也有的患者肝區劇烈疼痛，酷似急腹癥，如保守治療無效應進行手術治療。
(4)囊腫扭轉者
指懸垂型囊腫。扭轉后因缺血壞死會產生劇烈疼痛。對此，手術可能是惟一有效治療方法。不過這種懸垂型肝囊腫甚為罕見。