肛瘺常有肛周膿腫自行潰破或切開排膿的病史，此后傷口經久不愈，成為肛瘺外口。主要癥狀是反復自外口流出少量膿液，污染內褲;有時膿液刺激肛周皮膚，有瘙癢感。若外口暫時封閉，膿液積存，局部呈紅腫，則有脹痛，封閉的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反復發作，可形成多個外口，相互溝通。如瘺管引流通暢，則局部無疼痛，僅有輕微發脹不適，病人常不介意。
目前多按肛管與括約肌的關系將肛瘺分為4類。
1、括約肌間肛瘺 多為低位肛瘺，最常見，約占70%，為肛管周圍膿腫的后果。瘺管只穿過內括約肌，外口常只有一個，距肛緣較近，約3～5cm。少數瘺管向上，在直腸環肌和縱肌之間形成盲端或穿入直腸形成高位括約肌間瘺。
2、經括約肌肛瘺 可以為低位或高位肛瘺，約占25%，為坐骨直腸窩膿腫的后果。瘺管穿過內括約肌、外括約肌淺部和深部之間，外口常有數個，并有支管互相溝通。外口距肛緣較近，約5cm左右，少數瘺管向上穿過肛提肌到直腸旁結締組織內，形成骨盆直腸瘺。
3、括約肌上肛瘺 為高位肛瘺，少見，占5%。瘺管向上穿過肛提肌，然后向下至坐骨直腸窩穿透皮膚。由于瘺管常累及肛管直腸環，故治療較困難，常需分期手術。
4、括約肌外肛瘺 最少見，占1%，為骨盆直腸膿腫合并坐骨直腸窩膿腫的后果。瘺管穿過肛提肌直接與直腸相通。這種肛瘺常由于克隆病、腸癌或外傷所致，治療要注意其原發病灶。以上分類在高低位方面較細致，有利于手術方法的選擇。