①排膿：排膿是其主要癥狀。一般來說，新生成的瘺管排膿較多，膿汁粘稠，黃色、味臭;瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水;若膿量增加，則表示新瘺管生成。瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升，以后封閉的瘺口破潰，又排出膿液，也可從瘺口排出氣體或糞便。
②疼痛：瘺管通暢無炎癥時，一般無疼痛，只有肛門局部略有腫脹感，行走時可加重，若外口封閉，瘺管存積膿液，或糞便進入瘺管，則會疼痛加重或排糞時疼痛加重，而內盲瘺則常感直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時疼痛加重。
③瘙癢：肛門部皮膚由于膿液及其他排出物刺激，常感覺皮膚瘙癢。
④硬結或瘢痕：由于瘺管壁及瘺口的反復刺激，使纖維組織增生，在管壁和瘺口形成質韌的結締組織，常表現為瘺管周圍皮膚變色，表皮脫落，凹陷變形，觸及條索狀硬結通向肛門內。
⑤全身癥狀：多數無全身癥狀;當肛瘺侵犯范圍較大較深或支管較多時，反復炎癥感染，會導致消瘦、貧血、便秘、排便困難等全身癥狀。