男性原因導致不孕不育的，先天性問題較大，后天性比較容易克服，只要醫療得法，還是有機會再先生機。性功能障礙包括陽痿、早泄、遺精、不射精等，不射精癥占男性不育原因的35%。以內科疾病為例，如糖尿病及有些神經系統的疾病，會引起性無能，也會造成精子產量減少。肺結核引起的副睪丸炎和前列腺炎，都會使精子的輸送發生問題，如果患者常罹患慢性鼻竇炎、慢性支氣管炎及細支氣管擴張癥，這些癥狀有時和精蟲無力癥或組織囊狀纖維化癥(造成雙側輸精管缺損)有關。青春期后的腮腺炎有時會引起睪丸炎，使睪丸失去制精能力。
長期大量服用煙酒會造成精液品質下降。吸食大麻、海洛因也會影響男性生育力。最近六個月有無發燒超過38.5℃，如果發燒超過38.5 ℃，會抑制精子的制造達六個月久，并且發燒也會破壞精子DNA。精液質量異常，包括少精癥、無精癥、死精癥、弱精癥、多精癥、精量過少及精液不液化等。少精癥占男性不育原因的15.4%。
免疫學因素指男子血清或精漿中存在有抗精子抗體，產生自身抗精子免疫反應，導致免疫性不育。精索靜脈曲張引起的男性不育占12%。有一些藥物會造成精子暫時性或永遠性的減少，像一些賀爾蒙制劑，如男性荷爾蒙、女性荷爾蒙、類固醇等一些治療泌尿道感染的藥物，如Nitrofuratoin;治療痛風的藥物如秋水仙素、治療潰瘍性結腸炎藥物，如Sulphasalaz inel(一種黃胺劑)，會造成精子數目暫時性的減少。孕婦食用或暴露在女性賀爾蒙或類女性賀爾蒙添加物，會生下生殖器異常或睪丸制精能力低的男孩。為使身材健美而服用男性賀爾蒙也會造成精子數目下降。
一些治療癌癥的化學藥物也會對生育能力造成影響，導致不孕不育;放射線治療會對生育功能造成不可恢復性的傷害，對于這些病人事先將精蟲冷凍起來以備日后之需。此外生殖道感染、先天性異常、全身性疾病及不明原因也可引起不孕不育。