肛竇損傷感染是肛門直腸周圍膿腫的主要原因，肛腺管開口于肛竇，肛竇的開口向上呈漏斗狀，肛腺管則直接通向肛門直腸周圍間隙中，所以糞便、異物、炎性分泌物及各種細菌非常容易進入肛竇引起肛竇炎和肛腺管炎癥，導致肛門直腸周圍感染形成膿腫。
嬰兒期易發生肛門直腸周圍膿腫的其它原因還有：
①糞便壓迫：小兒骶骨彎曲尚未形成，直腸與肛管呈垂直狀態，糞便直接壓迫肛管齒狀線肛竇處，易造成肛竇損傷感染發炎。而女孩直腸前有子宮壓迫直腸，直腸曲與成人相似，肛竇相對受糞便壓迫損傷機會少，所以發病率較男孩低。
②小兒肛門周圍尿布皮炎，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，導致皮下膿腫。加之嬰兒免疫機能低、抵抗力差，皮脂腺相對分泌旺盛，也易導致肛周皮下感染，形成膿腫。由此看來，嬰幼兒肛門直腸周圍膿腫除肛竇損傷感染外，肛周皮膚不潔也是一個主要因素。