肛周膿腫是一種急性感染性疾病，一旦確診，必須及早治療。初期炎癥浸潤，尚未化膿時，可局部外敷藥物、坐浴熱敷配合抗生素治療，一旦成膿，早期手術治療是唯一有效的治療方式，采取正確的手術方式可一次根治，不留后遺癥。
感染是導致肛周膿腫的重要原因之一。日常生活中因肛裂、痔、肛竇炎、肛門周圍皮膚毛囊汗腺炎及肛門周圍皮膚病等感染，都可形成肛門直腸周圍膿腫，還有一些疾病，如白血病、糖尿病、結核病、潰瘍性大腸炎等等，也可能引起抵抗力下降而造成肛門膿腫。
此外，由于手術引起的感染也是造成肛周膿腫的一個感染因素，如肛門直腸術后感染，尿道術后感染、會陰部術后感染、產后會陰破裂縫合術后感染、尾骶骨骨髓炎術后感染等，都可能引起肛周膿腫。
引發肛周膿腫后，治療的重點是控制感染和預防形成肛瘺。據了解，治療這種局部感染內科治療療效不佳，應當立即手術治療，以迅速減輕全身膿毒血癥癥狀，術中有經驗的醫生可找到感染的內口，予以開放性治療，可以一次治愈;而如果不能找到內口，則在控制了急性感染后，還需要擇機進行第二次手術。