肝移植遠期出現黃疸升高，可能的原因是多方面的，以下是依據可能性遞減排列。
1、急性排異,主要是自身免疫力提高，排異藥物減少等原因引發。診斷依據主要可行肝穿刺病理診斷，也可通過IMMUKNOW檢測作輔助依據。
2、長期服用抗排異等藥物引起的藥物性肝損，診斷依據可行肝穿刺病理檢查，但很能出現典型表現，通常通過更換藥物診斷性治療來倒推診斷。
3、非特異性病毒感染，如CMV、EBV、HSV等，相關病毒抗體檢測和病理判斷。
4、乙肝或丙肝病毒復發。
5、原發性疾病復發，如PBC/PSC，自身免疫性肝炎。
6、慢性排斥，各種原因集中到后期病理上發現膽管上皮減少或消失的現象。
7、外科原因，供血不足或膽管狹窄。