男性睪丸發育不全的病因主要有以下內容：
1、解剖因素，由于胚胎時血液供應障礙，或睪丸小降時發生精索扭曲，導致睪丸發育不全。
2、感染因素，比如童年得腮腺炎導致病毒性睪丸炎，導致睪丸發育障礙。
3、內分泌異常，如促性腺激素減少性的性腺功能低下癥、垂體微腺瘤等，影響性腺的發育，造成睪丸發育不全。
4、外傷或手術創傷，因為意外或者手術造成男性睪丸受損，也會造成睪丸發育不良或萎縮。
5、遺傳因素，染色體異常，原發性小睪丸癥和精曲小管發育不良等，都會導致睪丸發育不全。
先天性睪丸發育不良會有什么后果?
先天性睪丸發育不良的患者體檢可發現：病人身體多正常，面白無須，無喉節，皮膚細膩，兩側乳房多有增大，腋毛稀少，陰囊空虛，陰莖短小。病人在青春發育期間學習注意力和智力相對較差。
一、少數病人可有先天性眼部畸形，有的伴有腭裂、唇裂、氣管、食管畸形或先天性心臟病。
二、患者性格和行為都有不全表現，約1/4患者智力發育遲緩，膽怯，生活不主動，有依靠性，感情不穩定，情緒多變。
三、據統計，此類患者乳腺癌發病機會較高。化驗檢查時可發現垂體促性腺激素，非凡是促卵泡生成激素(FSH)在血漿和尿中的濃度均較高，血漿睪丸酮濃度則低于正常。