近年來，隨著立克次體分子生物學(16srRNA序列、DNA-DNA雜交、全DNA或基因片段、質粒等)研究的進展，舊的立克次體分類已不能完全反映立克次目中所有種屬的全貌，應運而生的是根據遺傳物質對立克次體進行新的分類。16srRNA序列的分析顯示，立克次體可分為兩個亞群，α亞群包括立克次體(Rickettsia)、埃立克體(Ehrlichia)、埃菲比體(Afibia)、考德里體(Cowdria)和巴通體(Bartonella);γ亞群包括柯克斯體(Coxiella)和沃巴哈體(Wolbachia)。現并已發現很多新的種屬如日本立克次體(Rickettsiajaponica)、查菲埃立克體(EhrlichiaChaffeensis)、腺熱埃立克次體(EhrlichaSennetsu)、漢賽巴通體(Bartonellahenselae)等。羅卡利馬體(Rochalimaea)的名稱已為巴通體所取代，故戰壕熱的病原體也應改稱為五日熱巴通體(Bartonellaquintana)。