在長期研究中，人們已認識到心理社會因素與FGIDs密切相關。生活應激事件常常誘發或加重FGIDs，神經質、情緒化等人格特征明顯影響患者就診率和癥狀程度，軀體化癥狀更多見于FGIDs患者。FGIDs患者常具有胃腸道外癥狀，如呼吸困難、心慌、慢性頭痛、肌痛等。精神方面的疾患也常見于FGIDs患者，尤其是癥狀嚴重或頑固的患者，其發生率為42%~61%。
FGIDs中最常見的兩個疾病為：功能性消化不良(FD)和腸易激綜合征(IBS)。FD 患者常見的精神異常為焦慮、抑郁和軀體化疾患，約80% FD 患者有精神方面異常，而器質性消化不良患者僅為25%。
40%~50%的IBS患者亦有心理障礙的表現，80%的IBS患者病情發作和加重與精神心理因素以及對疾病的不正確認識有關，如認為大便必須成型，否則即為異常，IBS患者精神異常多表現為抑郁，其次為焦慮和軀體化疾患。