現在認為導致胃腸功能紊亂因素很多，究竟何種因素起主要作用目前很難定論，特別是不同的病人，胃腸功能紊亂的原因各有不同。常見的與胃腸功能紊亂因素包括：
(1)胃腸動力紊亂
包括胃腸動力過高或過低。
(2)內臟敏感性過高
比如腸易激綜合癥有時也叫“過敏性結腸”常州市第一人民醫院消化內科曹建新
(3)社會心理因素
通過大腦對消化道功能產生影響。比如我們已經知道焦慮，抑郁，失眠，工作壓力過大，對食道癌、胃癌或腸癌的過度擔心或恐懼都會影響胃腸道的功能。
(4)腸道急性感染
腸功能紊亂，比如感染后腸易激綜合癥。
(5)其他
比如膽囊切除后出現腸功能改變的也不少，主要是大便不成型或腹瀉。