不是所有都需要用抗生素治療，不僅非感染性腹瀉不需要用，就是感染性腹瀉也有大約一半的患者不需要抗生素治療。因為不少感染性腹瀉屬于自限性疾病，有自愈傾向，通過機體防御機制及腸道正常菌群的生長以抑制致病菌;抗生素可干擾腸道正常菌群，有時反有利于致病菌生長。但對于嬰兒、老弱病殘、免疫功能缺陷者，抗生素應用范圍應放寬。
目前國內外比較明確應該使用抗生素的腹瀉疾病，主要有下列幾種
(1)霍亂
(2)菌痢
中、重型菌痢原則上要應用抗生素。對于輕型菌痢，體溫不高或38℃以下，大便數次或每天10次以下的成人患者，在充分休息、對癥處理和醫學觀察的條件下可考慮不用抗生素。
(3)沙門氏菌
一般不用抗生素治療，但如為6月齡以下嬰兒或有免疫缺陷者，必須選用敏感抗生素治療。
(4)空腸彎曲菌腸炎