關于嬰幼兒患肛瘺的病因，目前尚不完全清楚，可能與下列因素有關：
①小兒骶骨曲尚未形成，兩側坐骨結節距離較近，加上肛門內括約肌緊張度較弱，因此糞便容易直接壓迫肛管齒線處，肛竇粘膜易損傷、擦破，導致細菌入侵。
②小兒常因尿布皮炎，刺激肛周皮膚，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛周皮下膿腫與肛竇相通而形成肛瘺。
③新生兒，尤其是男孩受母體激素失調的影響，使皮脂腺分泌亢進，易引起肛門皮脂腺炎，感染后成肛周膿腫與肛竇相通。
④新生兒免疫功能不全，如新生兒生理性缺乏免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)等，因此容易發生肛周感染，形成肛瘺。