根據(jù)瘺口和瘺道的位置、深淺、高低以及數(shù)目，其分類有。
(一)外瘺和內(nèi)瘺
外瘺至少有內(nèi)外二個(gè)瘺口，一個(gè)在肛門周圍皮膚上，多數(shù)距肛門2～3厘米，稱為外口，另一個(gè)在腸腔內(nèi)，多數(shù)在齒線處肛竇內(nèi)，稱為內(nèi)口，少數(shù)內(nèi)口在中齒線上方，直腸壁上。內(nèi)瘺的內(nèi)口與外瘺相同，并無外口，臨床所見90%為外瘺。
(二)低位瘺和高位瘺
瘺道位于肛管直腸環(huán)平面以下者為低位瘺，在此平面以上為高位瘺。
(三)單純性肛瘺和復(fù)雜性肛瘺
前者只有一個(gè)瘺管，后者可有多個(gè)瘺口和瘺管。
從臨床治療角度以肛瘺和括約肌的關(guān)系較重要，可分為：
①括約肌間型——最常見一種，內(nèi)口位于齒線，瘺管在內(nèi)外括約肌間行走，外口在肛門周圍皮膚;
②經(jīng)括約肌型——瘺管經(jīng)外括約肌及坐骨肛管間隙而在肛周圍皮膚上穿出;
③括約肌上型——不常見。瘺管同上穿破肛提肌而在肛門周圍遠(yuǎn)處皮膚上穿出;
④括約肌外型——少見，內(nèi)口在齒線上直腸壁，外口在肛周遠(yuǎn)處皮膚上，瘺管在內(nèi)外括約肌外，經(jīng)肛提肌而下。