肛瘺是發生于肛門附近及直腸下部的瘺管。肛瘺一般由內口、外口和瘺管三部分組成。內口多數在肛管齒線附近的肛竇內;外口在肛門周圍皮膚上，有時不止一個;瘺管壁是由纖維結締組織構成。
肛瘺的病理表現有外口、瘺管、支管、內口組成。
①外口：是肛門周圍膿腫破潰或切開的口，在肛門周圍的皮膚上，多數距肌門約2～3cm。其距肛門遠近不定，數目不一，可凹陷，也可突起;可伴有肉芽組織，紅紫色，潛行性邊緣，形狀整齊，且外口較大者多為結核性瘺管。
②瘺管：連接內口與外口的管道，形狀各異，可有一個，也可有多個分支。
③支管：主瘺管引流不暢，或反復感染，均可發生很多支管。探清支管對手術效果極為重要。
④內口：是肛門感染形成肛門周圍膿腫的入口，多數在肛竇附近，80%在肛管后正中線兩側的肛竇發生。由坐骨直腸窩和肛門部來的血管，在肛管后方正中線兩側進入直腸，感染常沿血管周圍蔓延，因此，內口多在肛管后部中線兩側。