尿道炎在治療上除了要按時吃藥外，還要對性伴侶同時進行治療，并減少并發癥的發生，避免耐藥的出現。下面幾項簡單說明一下尿道炎的用藥注意。
1、要按時按量用藥
因為非淋菌性尿道炎的治療不同于淋病能做到短期足量治療，而且服藥次數多，持續時間長，患者容易因公因事而忘記服藥，或者1~2天后基本消失而停服，影響療效或復發。此時不要急于改換藥物。
2、性伴侶要同時進行治療
病人的癥狀持續存在，或癥狀消失后又復發，最可能的原因是性伴侶未經治療。未經治愈與性伴侶性交，病菌由未經治療的性伴侶再次傳給患者。
3、對于炎癥明顯者可予以經驗性治療
例如：氧氟沙星加甲硝唑;或者是頭孢曲松加甲硝唑加阿奇霉素等，療程可適當延長。如尿道炎癥不明顯，可予抗組胺藥，或者是尿道平滑肌解痙劑，或中藥調理。
4、如果患者癥狀反復發作還應警惕并發癥的出現
常見的并發癥如前列腺炎等，應做好相應的細菌學檢查并及時治療。若為滴蟲、霉菌或其他少見病，尤其是霉菌性尿道炎，不能一味加用素，否則對患者危害更大，應查清后對癥治療。
5、避免耐藥
已有不少報告分解尿素支原體對四環素有耐藥性，若疑屬于這種情況，則及時用其他抗生素。