人工流產和藥物流產相比較，藥物流產的過程中沒有器械進入子宮內，流產后引起感染的可能性比較小，并且子宮內膜受傷的可能性也小。人工流產的過程中吸引器要進入子宮腔內，還要刮出子宮內壁的附著物，操作的醫生如果經驗豐富，是不會傷及子宮內膜的，但是如果操作不當會損傷子宮內膜。 子宮內膜就好像是“田地”一樣，如果子宮內膜傷痕累累，將來“種子”可能就沒有了生長發育的“土壤”。
想做藥物流產的關鍵是要早，所以生理周期有規律的人，懷孕后能即時發現。藥物流產的適用時間在懷孕的早期(從末次月經的第一天算起的39～49天之中)。在進行藥物流產之前，一定要做B超檢查，首先要排除宮外孕的可能;其次要測量胎囊的大小，胎囊超過2.3 厘米的不適合做藥物流產。另外，藥物流產的整個過程比較長，需要在家先服藥3天，流產當天再在醫院服用開宮口藥物后，在醫院觀察若干小時，由醫生確認胎囊是否排出體外。還有一點要提醒大家注意的是：藥物流產有5%的失敗率，如果不成功，還需要做人工流產補救。
藥物流產后的出血時間比較長，如果連續出血超過1周一定要即時到醫院就診，請醫生幫助解決。自己服用藥物進行流產是很危險的。
除了考慮到今后的生育問題，選擇藥物流產之外，子宮比較柔軟的哺乳期婦女選擇藥流也比較安全。曾經剖腹產的婦女子宮有瘢痕，患有子宮肌瘤的婦女子宮的形狀可能有改變，這兩種情況進行人工流產手術的難度比較大，也可以考慮采用藥物流產。
近年來，還有一種在人工流產過程中配合使用全身麻醉的技術，手術過程中幾乎沒有痛苦。適合對疼痛反應比較敏感的人，也適合對流產有恐懼心理的人。但是，要求孕婦的心肺功能正常，對麻醉劑沒有過敏反應。
專家忠告，不管是用哪一種方法，都要在正規的醫院(規定二級甲等以上的醫院才有資格進行這類手術)進行，千萬不能在不具備執業條件的小診所進行。否則可能由于炎癥引起輸卵管堵塞，導致不孕的嚴重后果。
不管采用哪種方式，都是萬不得已的補救措施，都有一定的危險，甚至可能危及生命。最好的辦法是采用適當的避孕手段，減少意外的妊娠。